公务员医疗保险报销程序分为门诊和住院两种类别：
一、门诊：
1、首先在个人当年账户中支付、个人当年账户资金不足支付部分，全额由个人现金支付，其中有历年账户支付，先从历年帐户开支。
2、当现金支付(包括历年账户)累计支付达到1000元的门诊起付线以上部分，由公务员医疗补助经费和公务员个人按比例分担，公务员医疗补助经费支付80%，个人负担20%、当在起付线以上再自付500元时，以上部分回单位报销90%。
二、住院和规定病种门诊：
1、起付标准以下的医疗费用，首先在个人历年帐户中支付，个人历年帐户资金不足支付部分，由公务员医疗补助经费和公务员个人按比例分担，在职人员由公务员医疗补助经费支付80%，个人负担20%休(退职)人员由公务员医疗补助经费支付85%，个人负担15%国前参加工作的老工人，由公务员医疗补助经费支付95%，个人负担5%。
2、一个年度内，个人负担部分之和(包括住院起付标准)，超过部分由用人单位给予补助(全额)。
【本文所涉及的法律依据】：：
《中华人民共和国社会保险法》
第二条
国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度,保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
第二十六条
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
第二十
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
